El propio devenir de la Universidad ha hecho que los documentos que atestiguan su actividad se encuentren divididos en dos archivos, el Archivo Histórico de Provincial de Gipuzkoa y el Archivo Universitario de Valladolid. En líneas generales podemos decir que en Oñati se conservan los documentos relacionados con el colegio -los que atestiguan la organización de la comunidad universitaria, la economía,...-, mientras que en Valladolid se conservan los documentos de la faceta propiamente educativa de esta institución -expedientes de los alumnos, exámenes,...-.
Ponemos a su disposición el catálogo de los documentos de la Universidad de Sancti Spiritus de Oñati elaborado y publicado por el investigador José A. Lizarralde, O.F.M., en el año 1930.
La biblioteca de la Universidad de Oñati es el resultado del proceso de acumulación del saber de la propia universidad. A lo largo de sus cuatro siglos de historia, partiendo de la biblioteca personal de su fundador Rodrigo Sáez de Mercado de Zuazola, los diferentes profesores y alumnos fueron incorporando obras interesantes para el estudio en sus áreas de formación, en especial la teología y el derecho. Toda esa suma de conocimiento, más de 4.000 obras de las que su mayor parte corresponden a los siglos XV, XVI y XVII, constituyen en su conjunto una de las principales bibliotecas de fondo antiguo de Euskal Herria.
La Universidad de Sancti Spiritus de Oñati fue la única universidad que existió en el País Vasco desde el siglo XVI hasta el siglo XIX. Es clave, por lo tanto, como centro de educación superior en el Antiguo Régimen. Otra de las características con rasgos propios de esta Universidad es la de haber mantenido desde el siglo XVI hasta su desaparición la estructura diferenciada entre el colegio-universidad y la universidad propiamente dicha, este hecho permite entender la actual separación de los documentos producidos por la universidad en diferentes archivos. El colegio se puede definir como la comunidad académica autónoma o semi-autónoma de hombres que estudiaban juntos en un centro que estaba dotado, es decir, que tenía como fuente de ingresos económicos una serie de bienes dejados en herencia por su fundador. La universidad es el centro entendido en su función de ofrecer estudios y conceder títulos universitarios.
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