En el ámbito de trabajo de un laboratorio de análisis existen herramientas que ayudan a garantizar ante terceros la competencia técnica del mismo. Una de las posibles es la Acreditación, otorgada por ENAC (Entidad Nacional de Acreditación), que avala el cumplimiento de la norma UNE EN ISO 17025 (Requisitos generales relativos a la competencia de los laboratorios de ensayo y calibración).
El Laboratorio Agroambiental de Fraisoro está acreditado desde el año 2004 para algunas de sus actividades, cuyo contenido concreto puede consultarse en la página de ENAC.
Como laboratorio acreditado, el centro utiliza para la evaluación de la calidad de sus ensayos y confirmación de su competencia técnica la participación en ejercicios de intercomparación. Estos, también llamados ejercicios interlaboratorios, consisten en la distribución de muestras a una serie de laboratorios participantes por parte de un organizador, que puede ser de ámbito local o internacional. Los resultados analíticos emitidos por cada laboratorio son evaluados por el organizador y se suele asignar a cada participante una calificación. Como regla general, se utiliza una escala llamada "z-score": un resultado entre -2 y +2 se considera satisfactorio; si está entre +2 y +3, o entre -2 y -3, es cuestionable; y si supera +3 o está por debajo de -3, se considera insatisfactorio.
En la carta de servicios, el laboratorio plasma su compromiso de obtener un 95% de sus z-scores dentro del rango SATISFACTORIO, así como de publicar estos datos.