El cuadro de clasificación de fondos no es definitivo ya que está en constante elaboración, entre otras cosas, porque hay fondos que aún no están lo suficientemente trabajados. Dependiendo de la fecha de consulta los niveles del cuadro de clasificación pueden variar.
1.1. Juntas y Diputaciones (s. XV-1877): 9157 unidades documentales catalogadas.
1.2. Diputación Provincial de Gipuzkoa (1877-1977): Volumen sin determinar.
1.3 Gobierno Carlista (1834-1839). Volumen sin determinar.
2.1. Audiencia del Corregimiento de Gipuzkoa (siglo XVI-1841): 36.792 unidades documentales catalogadas.
2.2. Juzgados de Primera Instancia (1814-1823): 161 unidades documentales.
2.3 Hidalguías (1567-1838): 1256 unidades documentales.
2.4 Justicia Ordinaria: 221 unidades documentales.
3.1. Tolosako notario barrutia (XV.mendea-1924).
4.1. Fermín Lasala Collado, Duque de Mandas.
4.2. Palacio de Lazcano (XV-XVIII): 215 manuscritos.
4.3. Casa Zurbano (XV-XVIII): 5 unidades de instalación.
4.4. Casa de Gaztañaduy (1436-1883): 3869 unidades documentales.
4.5. Casa de Querejazu (1514-1903): 9 unidades de instalación.
4.6 Allende Salazar
5.1. Juan San Martín (1911-1999): 7942 unidades documentales.
5.2. Indalecio Ojanguren (1918-1961): 8000 unidades documentales.
5.3. Xabi Otero
5.4. Sigfrido Koch (1974-1989): 990 unidades documentales.
5.5. Antton Arrieta Valverde: 2127 diapositivas.
5.6 Antxon Aguirre Sorondo (1983-2000): ca. 5084 diapositivas.
5.7 Karlos Linazasoro.
6.1 Astilleros Ascorreta (1969-1997): 393 unidades documentales.
6.2 Asociación de Propietarios de Caseríos de Zubieta (1495-1969): 740 unidades documentales.
6.3 Porcelanas del Bidasoa (1935-2009): 567 unidades documentales.
6.4 Correspondencia de varios comerciantes (1786-1915): 95 unidades documentales.
6.5 Cámara de Comercio, Industria y Navegación de Gipuzkoa (1886-1992): 386 unidades documentales.
6.6 MEIPI (1909-1998): 167 unidades documentales y 259 planos.
6.7 Boinas Elósegui: 17 unidades de instalación (cajas).
7.1 Colección del Boletín Oficial de Gipuzkoa (1834/1954): 179 ejemplares.
7.2 Colección de documentos textuales adquiridos (piezas aisladas)
7.3 Colección de fotografías aéreas de Gipuzkoa