Unibertsitatea XVI. mendean sortzen da, Avilako gotzain Rodrigo Saez de Mercado Zuatzola fundatzailearen ekimenez. Indarrez sortutako ekimena bada ere, lehenengo urteetatik hainbat arazo ekonomiko pairatuko ditu, bere jarduera etengabe oztopatuko dutenak. XIX. mendean, arazo horiei gerrak sortutako ondorioak gehituko zaizkio. Hau dela eta, unibertsitatea bi aldiz lekualdatuko da: Valladoliden 1807-1814 urte bitartean egongo da eta 1834-1840 artean, bitarte honetan Unibertsitate Karlista sortuko bada ere, Gasteiz izango du egoitza. 1842 urtean behin betiko itxiko ditu ateak.
Ondorengo hamarkadetan hainbat saiakera izango dira, Unibertsitateak hezkuntza zentro izaera berreskuratzeko asmoz. 1842tik 1850. urtera arte Bigarren Hezkuntzako Tokiko Instituto bihurtuko da, Valladolideko Unibertsitatearen mendeko zentro bezala. 1869an berriz, Unibertsitate Askea deritzona sortuko da, bigarren karlistaldian Euskal Barruti Unibertsitarioaren buru bihurtuz. 1885-1892 urte bitartean, Letrango kalonjeek zuzendutako apaiztegi txiki bihurtuko da. Azkenik, 1895ean Oñatiko Unibertsitate Katoliko eta Pontifizioa izenez ezaguna dena sortuko da, 1902. urtean itxiko dena.