Egitura Funtsen Kudeaketa Programen bitartez gauzatzen da. Programa bakoitzak lehentasunezko ardatzak eta inbertsio lehentasunak ditu. Elementu horien guztien bidez garapen-estrategia diseinatzen da, eta hori programak irauten duen bitartean aplikatu beharko da. Programarekin finantzatu nahi diren proiektuak estrategia horren barruan sartu behar dira. Bakoitzaren izaera espezifikoaren arabera, Egitura Funts bakoitzak proiektu mota zehatz batzuk finantzatu ahal izango ditu. Europar Batasuneko funtsekin finantzatutako diru laguntzek hari dagozkion batasuneko arauak bete beharko dituzte, baita haiek garatzen dituzten nazioko arauak ere. Estatu kideak bere gain hartzen du esku-hartzeen finantza-kontroleko lehenengo erantzukizuna; beraz, estatu kide horrek Batasuneko Funtsen erabilera eraginkorra eta arauen araberakoa ziurtatzeko neurriak hartu beharko ditu, eta nazioko zein Batasuneko arauak betetzen dituela bermatu beharko du, finantza-kudeaketa zuzena lortuz eta gerta daitezkeen irregulartasunak aurreikusiz, hautemanez eta zuzenduz.